La taxonomía es, en su
sentido más general, la ciencia de la clasificación. Habitualmente, se emplea
el término para designar a la taxonomía biológica, la ciencia de ordenar a los
organismos en un sistema de clasificación compuesto por una jerarquía de
taxones anidados
Los árboles filogenéticos
tienen forma de dendrogramas. Cada nodo del dendrograma se corresponde con un claro:
un grupo de organismos emparentados que comparten una población ancestral común
(que no necesariamente estaba compuesta de un único individuo). Los nodos
terminales (aquí simbolizados por letras individuales) no pueden ir más allá de
las especies, ya que por definición, por debajo de la categoría especie no se
pueden formar grupos reproductivamente aislados entre sí, y por lo tanto no
evolucionan como linajes independientes, por lo que no pueden ser representados
por un diagrama en forma de árbol. La Taxonomía Biológica es una su disciplina
de la Biología Sistemática, que estudia las relaciones de parentesco entre los
organismos y su historia evolutiva. Actualmente, la Taxonomía actúa después de
haberse resuelto el árbol filogenético de los organismos estudiados, esto es,
una vez que están resueltos los clados, o ramas evolutivas, en función de las
relaciones de parentesco entre ellos.
En la actualidad existe el
consenso en la comunidad científica de que la clasificación debe ser
enteramente consistente con lo que se sabe de la filogenia de los taxones, ya
que sólo entonces dará el servicio que se espera de ella al resto de las ramas
de la Biología (ver por ejemplo Soltis y Soltis 2003[1] ), pero hay escuelas
dentro de la Biología Sistemática que definen con matices diferentes la manera
en que la clasificación debe corresponderse con la filogenia conocida.
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